电子商务企业的审计线索、审计范围以及审计证据形式等都与传统企业的审计存在较大差别，对审计工作的要求也随之提高，在信息化环境下面对电子商务企业，注册会计师应不断加强自身的专业素质，加深了解电子商务企业的经营模式，从而有效防范相关审计风险。
一、检查风险
（1）由于电子商务企业的会计处理与传统企业的会计处理存在差异，关于电子商务企业会计信息的识别和核算，对于注册会计师来说是一项新的研究内容，另外，电子商务企业审计会涉及较多有关电子商务、互联网等专业技术知识，是注册会计师并不具备的知识，可能需要借助外部专家的力量。
（2）在审计电子商务企业时，传统审计程序存在缺陷，在大数据信息技术高速发展的背景下，电子商务交易数量和规模都呈现爆炸式增长，注册会计师在审计电子商务企业时，可能无法向传统审计面对的是货物实体，而是面对海量的业务数据。一方面，加大了审计的工作量，另一方面，传统存货监盘等审计方式已不适用于电子商务企业。
二、电子商务企业审计存在的问题分析
1.注册会计师胜任能力不足
注册会计师审计方式和审计手段缺乏创新。由于电子商务企业在交易方式、经营模式、财务管理上都具有其特殊性，且其高度依赖现代化信息技术，具有海量的财务数据，与传统的审计内容有着很大差异。
因此对注册会计师的审计工作来说，需要注册会计师更加专业化、技术化，但从审计的情况来看，注册会计师并没有针对电子商务企业的经营管理模式创新相应的审计方法和手段，审计工作开展不够顺利，仍存在较高审计风险。
2.缺乏适用的审计软件
为应对高度信息化的电子商务企业，审计工作也必须与时俱进，充分利用现代化信息技术，借助高效的审计信息工具。但我国审计软件的开发和运用都还处于起步阶段，软件开发市场规模较小，现有的审计软件难以应对电子商务企业高水平的信息化系统。现在运用的审计软件还存在缺乏适配性、审计功能单一、数据共享范围狭窄等问题。
一是审计软件对于不同的电子商务企业不具有针对性，由于各大电子商务企业在发展过程中，会建立起属于自己的信息技术和系统，但目前运用的审计软件仍旧存在技术限制，缺乏动态更新功能，无法适应不同电子商务企业的技术系统。
二是目前审计软件在半结构化及非结构化资源方面的应用不高，难以发现审计风险点，对审计数据的处理过程也较为浅显，处理后的数据也较为单薄，对于审计舞弊风险的发现存在滞后性。三是现有审计软件缺乏互联功能，难以链接全行业的数据，无法对电子商务企业的审计进行成果共享。
.缺乏先进的审计方法
电子商务企业的商业活动借助电子互联网等技术，打破了时间和空间的限制，也导致了电子商务企业交易信息数量的庞大及会计信息的复杂，电子商务企业的会计信息大多以电子介质存储，改变了过去传统审计需要查阅大量纸质单据的做法。
在庞大的电子数据信息下，传统过度依赖人工来进行电子数据处理的方法已经难以应对，必须采用与电子商务企业工作模式相匹配的审计方法。审计工作仍然过于依赖审计抽样、存货监盘等需要人工操作的审计方式，这些对于新型的电子数据来说已经缺乏适用性，需要注册会计师寻求新的审计方法。
三、电子商务企业审计风险的防范措施
1.收入确认风险的防范措施
（1）加强对收入确认完整性和准确性的
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